Η Ενορία του Αγίου Νικολάου Νέας Υόρκης και η Αρχιεπισκοπή της Ελληνορθόδοξης Εκκλησίας Αμερικής υπέβαλαν μήνυση εναντίον της Λιμενικής Αρχής Νέας Υόρκης και Νέας Iερσέης καθώς επίσης και εναντίον οποιουδήποτε άλλου φορέα ή ατόμου, με στόχο την προώθηση του αιτήματος για ανοικοδόμηση στο Σημείο Μηδέν του ναού του Αγίου Νικολάου, που ήταν και ο μοναδικός τόπος λατρείας που καταστράφηκε από τις τρομοκρατικές επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου, 2001 στην Αμερικανική μεγαλούπολη.
Η μήνυση κατατέθηκε στο Ομοσπονδιακό Δικαστήριο του Μανχάταν την Δευτέρα 14 Φεβρουαρίου, 2011. Σε σχετική ανακοίνωση που εξέδωσε αργότερα το γραφείο του Προκαθήμενου της Ελληνορθόδοξης Εκκλησίας Αμερικής Αρχιεπισκόπου κ. Δημητρίου, αναφέρεται ότι η προτίμηση των εναγόντων ήταν να χτιστεί ξανά η ιστορική εκκλησία δίχως δικαστικές προσφυγές. Όπως επεξηγείται όμως στην συνέχεια, η Ενορία και η Αρχιεπισκοπή δεν μπόρεσαν να δράσουν σύμφωνα με την προτίμηση τους επειδή η Λιμενική Αρχή, της οποίας η δικαιοδοσία εκτείνεται στην περιοχή του Σημείου Μηδέν, απαρνήθηκε την από μακρού συμφωνία με την Εκκλησία για την ανέγερση του ναού στο Σημείο Μηδέν, κατέλαβε το οικόπεδο του Αγίου Νικολάου, εμπόδισε την πρόσβαση της Εκκλησίας σε αυτό, και αρνείται να έχει οποιονδήποτε διάλογο ή συνάντηση με την Ενορία ή την Αρχιεπισκοπή.
Η προσφυγή στην δικαιοσύνη ήταν η τελευταία επιλογή των εναγόντων και αποβλέπει όχι μόνον στην ανάκτηση του οικοπέδου και του δικαιώματος ανοικοδομήσεως του Αγίου Νικολάου αλλά επίσης και στην υλοποίηση του κοινού οράματος των αστικών και εκκλησιαστικών αρχών αμέσως μετά την 11η Σεπτεμβρίου, για την ανέγερση ενός νέου τόπου προσευχής και περισυλλογής για όλους τους ανθρώπους στο Σημείο Μηδέν.
Η ανακοίνωση της Αρχιεπισκοπής επισημαίνει ότι η Λιμενική Αρχή, αν και δημοσίως ισχυρίζεται ότι βρίσκεται σε διάλογο με την Εκκλησία για την προώθηση της προσπάθειας ανοικοδόμησης του ναού, στην πραγματικότητα τον Μάρτιο 2009 αποκήρυξε την έως τότε συμφωνία της με την Αρχιεπισκοπή για την ανέγερση του Αγίου Νικολάου στο οικόπεδο της 130 Liberty Street, που είχε επιλεγεί για τον σκοπό αυτό από την ίδια Λιμενική Αρχή και που εκτείνεται ακριβώς δίπλα στην αρχική τοποθεσία στην οποία βρίσκονταν ο ναός μέχρι την ημέρα που θάφτηκε κάτω από τα συντρίμμια των δίδυμων πύργων του Κέντρου Παγκοσμίου Εμπορίου. Έκτοτε η Λιμενική Αρχή αντιστέκεται σε κάθε προσπάθεια της Εκκλησίας για συνεργασία με στόχο την ανοικοδόμηση του Αγίου Νικολάου.
Σύμφωνα πάντα με την Αρχιεπισκοπή Αμερικής, ενώ μέχρι πριν από 23 μήνες η συνεργασία ανάμεσα στις δύο πλευρές ήταν καλή, τον Μάρτιο 2009 η Λιμενική Αρχή δίχως άδεια, δίχως προειδοποίηση και δίχως καμιά νομική αιτιολόγηση έστειλε μηχανήματα εκσκαφής τόσο στο οικόπεδο επί της οδού Cedar Street αριθμός 155, όπου βρίσκονταν ο Άγιος Νικόλαος και το οποίο είναι ακόμα ιδιοκτησία της Εκκλησίας, όσο και στο οικόπεδο που είχε διατεθεί στην Εκκλησία εις αντάλλαγμα επί της οδού Liberty Street αριθμός 130. Η Λιμενική Αρχή προέβη έκτοτε σε εκτεταμένες ανασκαφές και άλλες οικοδομικές εργασίες που απέκλεισαν την πρόσβαση της Εκκλησίας στην δική της ιδιοκτησία και κατέστησαν τα δύο οικόπεδα μη-οικοδομήσιμα από την Εκκλησία κατά τρόπο που αυτή επιθυμεί, εάν δεν γίνουν σημαντικά τροποποιητικά έργα στους εν λόγω χώρους.
Η Ενορία και η Αρχιεπισκοπή ελπίζουν πως η μήνυση που κατέθεσαν θα οδηγήσει σε δίκαιες και σωστές αποφάσεις οι οποίες θα καταστήσουν δυνατή την γρήγορη ανοικοδόμηση του Αγίου Νικολάου στο Σημείο Μηδέν, όχι μόνον για να εξυπηρετεί τους πιστούς της κοινότητας αλλά και για να λειτουργεί ως ένας ναός με ευρύτερη αποστολή που θα προσφέρει ειρήνη και συναδέλφωση και θα αποτελεί χώρο προσευχής, περισυλλογής και ανάμνησης για όλους τους επισκέπτες του Σημείου Μηδέν.