Η κυβέρνηση Μπους διέψευσε τις καταγγελίες ότι αγνόησε τον κίνδυνο που αντιπροσώπευε η Αλ Κάϊντα πριν από τις τρομοκρατικές επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου του 2001 εναντίον των Ηνωμένων Πολιτειών, και ότι μετά τις επιθέσεις ήταν επικεντρωμένη στο να διενεργήσει πόλεμο κατά του Ιράκ , παρά να καταδιώξει την Αλ Κάιντα. Ο πρώην σύμβουλος του προέδρου Μπους για θέματα τρομοκρατίας, Ρίτσαρντ Κλαρκ, αναφέρει σε βιβλίο του που άρχισε να κυκλοφορεί σήμερα, πως πιστεύει ότι ο αμερικανός πρόεδρος έκανε «πολύ κακή δουλειά» στο θέμα της προστασίας των Ηνωμένων Πολιτειών από τους τρομοκράτες.
Ο Λευκός Οίκος λέει ότι οι καταγγελίες του κυρίου Κλαρκ είναι εντελώς εσφαλμένες, ενώ η Σύμβουλος του Λευκού Οίκου για θέματα εθνικής ασφάλειας, Κοντολίζα Ράϊς, είπε πως υπήρχε σχέδιο για την εξάλειψη της Αλ Κάϊντα πολύ πριν από τις επιθέσεις στη Νέα Υόρκη και την Ουάσινγκτον.