Υπέρμαχοι των δικαιωμάτων του πολίτη, εκφράζουν ανησυχία για τις νέες κατευθυντήριες γραμμές, που αφορούν τις έρευνες του Εφ-Μπη-Αι. Οι ευρύτερες εξουσίες που δίνονται στο Ομοσπονδιακό Γραφείο Ερευνών και αποσκοπούν στην αντιμετώπιση της τρομοκρατίας, περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων την παρακολούθηση του ηλεκτρονικού ταχυδρομείου στο Ιντερνέτ και ορισμένες δημόσιες δραστηριότητες, όπως εκδηλώσεις σε τζαμιά. Η οργάνωση Αμερικανική Ένωση για τις Ελευθερίες του Πολίτη, καταγγέλει πως η κυβέρνηση Μπους προσπαθεί να αποσπάσει την προσοχή από το ότι το Εφ Μπι Άϊ δεν χειρίστηκε καλά πληροφορίες που είχε, πριν από τις επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου. Αραβοαμερικανικές οργανώσεις λένε οτι η παρουσία πρακτόρων του Εφ-Μπι-Αι στα τζαμιά, θα δημιουργήσει αίσθημα ιεροσυλίας. Ο πρόεδρος Μπούς, όμως, είπε σήμερα οτι το Εφ-Μπη-Αι θα έχει σάν πρώτο μέλημά του τον σεβασμό προς το Αμερικανικό σύνταγμα.